Sinds eind jaren tachtig is het onderwijsbestel in Nederland een denominatie rijker: het bijzonder islamitisch onderwijs. De eerste scholen zijn in 1987 en 1988 opgericht in Eindhoven (Tarieq ibnoe Ziyad) en Rotterdam (Al Ghazali). Toen het aantal scholen sterk toenam ontstond er, binnen de islamitische gemeenschap en van de kant van de overheid, een behoefte aan een overkoepelende organisatie die de islamitische scholen in Nederland zou vertegenwoordigen.

In 1990, twee jaar na de oprichting van de eerste islamitische scholen, werd in samenwerking met de Verenigde Bijzondere Scholen (VBS) en het ministerie, de Islamitische Scholen Besturen Organisatie opgericht.  Daarmee werd een platform gecreëerd voor het islamitisch onderwijs en ontstond er de mogelijkheid om vanuit één orgaan, namens de islamitische scholen, deel te nemen aan allerlei vormen van overleg.

Ook vandaag de dag wil de ISBO alle islamitische scholen in Nederland vertegenwoordigen, ongeacht welke specifieke interpretatie van de islam zij uitdraagt. Op dit moment zijn 43 islamitische scholen voor primair onderwijs en 1 school voor het voortgezet onderwijs aangesloten bij de ISBO.